home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ C/C++ Users Group Library 1996 July / C-C++ Users Group Library July 1996.iso / vol_400 / 418_04 / announce < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1994-03-02  |  6.9 KB  |  131 lines
  1.  
  2.  
  3.                             RasMol 2.3
  4.               Molecular Graphics Visualisation tool.
  5.  
  6.                            Roger Sayle 
  7.                   BioMolecular Structures Group
  8.                    Glaxo Research & Development
  9.                      Greenford, Middlesex, UK.
  10.                           February 1994
  11.  
  12.  
  13.     This posting is to announce the public release of RasMol 2.3 molecular
  14. graphics visualisation program.  This package has been developed at the
  15. University of Edinburgh's Biocomputing Research Unit over the last few 
  16. years, and more recently with financial assitance from a visiting position 
  17. at Glaxo Research and Development. This latest version has a significant 
  18. number of improvements over RasMol 2.2. Most of these enhancements are
  19. described at the end of this message. For a complete list of additions, 
  20. bug fixes and acknowledgements, refer to the distribution's "ChangeLog".
  21.  
  22.     RasMol is an X Window System tool intended for the visualisation of 
  23. proteins and nucleic acids. It reads Brookhaven Protein Databank (PDB) 
  24. files and interactively renders them in a variety of formats on either an 
  25. 8bit or 24/32bit colour display. The complete source code and user 
  26. documentation for the UNIX/X11, IBM PC/MSWindows and the VMS/DecWindows
  27. versions may be obtained by anonymous ftp from ftp.dcs.ed.ac.uk 
  28. [129.215.160.5] in the directory /pub/rasmol. All the source code is
  29. contained in the file RasMol2.tar.Z and the MS Windows source code and
  30. executable in the file raswin.zip. Both of these files include on-line 
  31. help, hypertext documentation and the previous (dated) version of the 
  32. PostScript user reference manual.
  33.  
  34.     Please remember to use "binary" mode when transferring files between 
  35. UNIX and MSDOS systems. Check that the file size is the same before and
  36. after transfer. The MSWindows error "No Memory for Application" is
  37. symptomatic of transfering "raswin.exe" in ASCII mode (corrupting it).
  38.  
  39.     The program is intended for teaching and generating publication 
  40. quality images. The program has both a menu system and a full featured
  41. command line interface. Different parts and representations of the 
  42. molecule may be coloured or displayed in a number of formats independently.
  43. Currently supported formats include wireframe, ball and stick, backbone,
  44. space filling spheres and solid or strands ribbon models. The space filling 
  45. spheres may even be shadowed. The molecule may be manipulated using the
  46. mouse, the scroll bars, the interactive command line or from a dials box 
  47. (if one is attached). The resulting image may be saved at any point in 
  48. PostScript, GIF, PPM, Sun rasterfile or Microsoft BMP formats.  For more 
  49. details see the RasMol reference manual. On a SparcStation, it can shadow 
  50. a 10,000 atom spacefilling protein in less than 10 seconds.
  51.  
  52.     The current version of the program has been tested on sun3, sun4, 
  53. sun386i, SGI, DEC & E&S mips based machines, DEC Alpha (OSF/1 and OpenVMS),
  54. VAX VMS (under Dec Windows), IBM RS/6000, hp9000, sequent and IBM PC running
  55. both Linux, BSD386 and *BSD compiled under both gcc and (usually) the native 
  56. compiler. The Microsoft Windows version requires version 7 of the Microsoft 
  57. Optimizing C Compiler or the Visual C++ Compiler and the Microsoft Software 
  58. Development Kit (SDK). 
  59.  
  60.     The source code is public domain and freely distributable provided that
  61. the original author is suitably acknowledged. Any comments, suggestions or 
  62. questions about the package may be directed to either "rasmol@dcs.ed.ac.uk"
  63. or "rasmol@ggr.co.uk".
  64.  
  65.  
  66. Enhancements since Version 2.2 [October 1993]
  67.  
  68.   o The mouse can now control X, Y and Z rotations, X and Y translation,
  69.     zooming (scaling) and the Z-clipping plane (slabbing). Mouse bindings
  70.     may be controlled by the "set mouse" command with the parameters
  71.     "rasmol", "insight" or "quanta". The "rasmol" bindings are suitable
  72.     for two button mice.
  73.  
  74.   o Maximum magnification is now dependent upon the size of the molecule,
  75.     allowing magnification by more than 200%. The RasMol "centre" command 
  76.     allows the molecule to rotate about a given atom (or centre of gravity 
  77.     of an arbitrary set of atoms). The RasMol "reset" command returns the 
  78.     viewing transformation to its initial default values.
  79.  
  80.   o RasMol now draws ribbon diagrams of nucleic acids (both DNA and RNA).
  81.     There is also a (developmental) "set ribbons solid" command (and
  82.     corresponding "set ribbons strands") that displays ribbons as
  83.     normal shaded triangles. The command "colour structure" now colours 
  84.     proteins by secondary structure assignments.
  85.  
  86.   o RasMol will now read in compressed files (either UNIX compress .Z
  87.     or GNU gzip .z or .gz) decompressing the file automatically. There
  88.     is also an environment variable (RASMOLPDBPATH) to set the default
  89.     file search path (for example pointing to the Brookhaven CD path).
  90.     RasMol now performs '~' expansion on filenames. Filenames no longer
  91.     need be surrounded in quotes.
  92.  
  93.   o RasMol has been completely ported to VAX/VMS, using ASTs to multiplex
  94.     input signals rather than the UNIX select(2) system call. The VMS
  95.     version doesn't (yet) support file decompression, file path searching 
  96.     or the X11 shared memory extension.
  97.  
  98.   o The UNIX man pages and on-line help have been substantially rewritten.
  99.     This information is now available as hypertext under Microsoft Help 
  100.     (in Windows 3.1) and under "mosaic" in HTML (if you have NCSA's WWW
  101.     viewer).
  102.     
  103.   o There are a number of experimental/development extensions to the RasMol
  104.     "write" command. The "write script" command saves the current viewpoint
  105.     and rendering options (but not yet the molecule representation) to a 
  106.     RasMol "script" file. The "write molscript" command generates a MolScript
  107.     script file of the protein from the current viewpoint with the 
  108.     appropriate secondary structure assignments (but not yet the scaling,
  109.     clipping or representation). The "write vectps" command saves the
  110.     current image as `vector' PostScript commands rather than as a PostScript
  111.     `image' raster bitmap.
  112.  
  113.   o RasMol now registers itself as a Tcl/Tk client to allow interprocess
  114.     communication. An improved Tk Graphical User Interface will be 
  115.     distributed with RasMol 3.0. Several improvements have been made to
  116.     the existing menu system.
  117.  
  118.   o Added the predefined sets "water", "ion", "solvent", "ligand" and
  119.     "bonded". RasMol defaults to "backbone" representation when loading
  120.     files containing no bonded atoms [alpha carbon position only PDB files]
  121.  
  122.   o Added the RasMol "renumber" command to force sequential number of
  123.     macromolecule chains.
  124.  
  125. -- 
  126. Roger Sayle, Protein Biochemistry,    INTERNET:  ras32425@ggr.co.uk
  127. Glaxo Research & Development (GRD)               ros@dcs.ed.ac.uk
  128. Greenford Road, Greenford             Tel:   (+44) 081 966 3567 (direct line)
  129. Middlesex UB6 0AG, UK.                Fax:   (+44) 081 423 4070
  130.  
  131.